Entre 1634 y 1648 Adolfo Federico también gobernó el Obispado Principesco de Schwerin como su administrador.En 1621 el ducado de Mecklemburgo fue formalmente dividido entre los dos hermanos, gobernando Adolfo Federico sobre Mecklemburgo-Schwerin y Juan Alberto en Mecklemburgo-Güstrow.Durante la Guerra de los Treinta Años, Albrecht von Wallenstein derrocó a ambos duques después de que secretamente se alinearan con el rey Cristián IV de Dinamarca contra el emperador del Sacro Imperio Fernando II.Wallenstein gobernó los ducados desde 1627 hasta 1631, cuando los duques fueron restaurados por los suecos bajo el rey Gustavo Adolfo.Tuvieron los siguientes hijos: Adolfo Federico contrajo segundas nupcias en 1635 con María Catalina (1616-1665), hija del Duque Julio Ernesto de Brunswick-Dannenberg y María de Frisia Oriental (1582-1616).
