Sus hijas mayores, Lola y Olga, alcanzaron a estudiar en un internado en Inglaterra.José Domingo Dávila estuvo casado en 3 ocasiones, dejando un linaje importante.En 1893 contrajo matrimonio por primera vez con Dolores Alzamora de Mier, con quien tuvo 2 hijas, Olga y Dolores Dávila Alzamora.Su esposa falleció a los pocos días del nacimiento de Lola Dávila, en 1903.En segundas nupcias se unió con Ana María Diaz Granados, con quien tuvo a su primer hijo varón, Carlos Dávila Diaz Granados, quien se casó con la sueca María Hermansohn.Su hija Elvira contrajo matrimonio con Enrique Dávila Barreneche, Sara con Sergio Trujillo Magnenat; Paulina con Aurelio Samper Bermúdez; Leonor con Enrique Gómez Campuzano; Blanca con Miguel Sanz de Santamaría Caro (sobrino del expresidente Miguel Antonio Caro); Jaime con Cecilia Cubillos Pombo; y Alfonso con Gladys Silva Cheraux, hija del militar José Miguel Silva Plazas.
Paulina Ortiz Rodríguez-Ugarte, su tercera esposa.
