Fue hijo del arquitecto catalán Juan Balta Brú y de la limeña Agustina Montero Casafranca.

Su padre fue un emigrado político que había huido de Cataluña por sus ideas separatistas contra la Corona española.

Luchó contra la intervención boliviana actuando en las batallas de Uchumayo y Socabaya (1836).

Fue tomado prisionero y desterrado a Bolivia, permaneciendo dos años en las montañas de Chiquitos, hasta que logró fugar.

[1]​[2]​ Nuevamente fuera del ejército, el presidente Castilla autorizó su reinscripción en el servicio activo (1846).

Secundó entonces, desde Chiclayo, la rebelión de Mariano Ignacio Prado y Pedro Diez Canseco contra el presidente Juan Antonio Pezet, cuya dimisión forzaron en 1865.

Regresó al Perú en 1867 y encabezó un movimiento revolucionario contra el gobierno de Prado en Chiclayo, el cual encontró eco en Arequipa, donde se levantó el general Pedro Díez-Canseco.

Ambos se negaron a jurar la nueva Constitución del año 1867 y proclamaron vigente la de 1860.

Murieron más de 80 rebeldes durante esos días y 8 civiles: otros civiles apoyaron a la causa con la entrega de mulas, burros, pólvora y plomo que habían llegado.

Luego de la victoria, Balta emocionado se dirigió al pueblo y dijo: “Amigos la redención de la patria es vuestra obra, ella también está obligada a recompensar dignamente vuestra abnegación.

Lo integraban: José Antonio Barrenechea (Relaciones Exteriores); Francisco García Calderón (Hacienda); el coronel Juan Francisco Balta, hermano del presidente (Guerra); y Luis Benjamín Cisneros (Justicia e Instrucción).

[10]​ El siguiente gabinete lo presidió Juan Francisco Balta (1869-1871), que renunció debido a la crisis suscitada por la firma del Contrato Dreyfus.

[12]​ Desde hacía tiempo toda la hacienda pública se basaba en el sistema de la consignación del guano.

Por este sistema el Estado contrataba con los llamados consignatarios, para que vendieran al extranjero cierta cantidad de guano; los consignatarios cobraban por ello una comisión y luego entregaban al Estado el producto de su venta.

[13]​ Urgía pues, tomar una decisión radical: quitarles el negocio del guano a los consignatarios y discutir nuevas condiciones con quien ofreciera mejores dividendos para el Perú.

En virtud a ello, por decreto del 27 de marzo Piérola fijó las bases para negociar directamente (sin consignatarios) la venta del guano al extranjero, en un volumen que bordeaba los dos millones de toneladas métricas.

Los comisionados del gobierno Toribio Sanz y Juan Martín Echenique se encargaron de presentar las bases de un contrato guanero en los mercados europeos, para que las empresas interesadas lanzaran sus propuestas.

La siguiente preocupación fue buscar fondos para la construcción de ferrocarriles y otras obras públicas, base del progreso, como se creía entonces.

Todo lo cual desembocó en un gran aumento de la ya enorme deuda pública, y la subsiguiente bancarrota, que ocurriría poco después.

Durante su mandato se repararon el monitor Huáscar, la fragata Independencia, y otros buques, así como se retubaron las calderas de los monitores Manco Cápac y Atahualpa, que el gobierno de Mariano Ignacio Prado había adquirido.

El comandante Manuel Ferreyros fue comisionado a Inglaterra para negociar la contratación de los dos blindados peruanos.

Sin embargo, esta operación se frustró al negarse la Casa Dreyfus a proporcionar los fondos necesarios.

Balta decidió entonces auspiciar una candidatura de conciliación nacional en la persona del jurista Antonio Arenas, viéndose Echenique obligado a renunciar para ceder espacio al nuevo candidato.

Aunque José Balta fue tentado para anular las elecciones y perpetuarse en el poder, desistió de hacerlo.

Enseguida fue a la plaza de Armas, donde se hallaba su hermano Marceliano al mando del batallón «Zepita»; ambos declararon destituido al presidente Balta y proclamaron a Tomás Gutiérrez como General del Ejército y Jefe Supremo de la República.

Los que ejecutaron este crimen fueron el mayor Narciso Nájar, el capitán Laureano Espinoza y el teniente Juan Patiño, según se comprobó en el juicio posterior; ellos dijeron haber cumplido órdenes de Marceliano, aunque es probable que mintieran para atenuar en algo su responsabilidad.

[59]​[60]​ La noticia de la muerte del presidente causó tremenda conmoción entre la población limeña, que no descansó hasta hacer justicia con sus manos.

Solo logró escapar Marcelino Gutiérrez, quien tiempo después se reivindicó peleando en la guerra con Chile.