Durante la guerra con Chile se le encargó formar un batallón para la defensa de Arequipa.
Sus otros hermanos que siguieron la carrera militar fueron Silvestre y Marceliano.
Fue ascendido a teniente menor en 1854 y se retiró del servicio activo en 1855, reincorporándose en 1856.
Sirvió a las órdenes de Torrico, Echenique, Castilla y Balta.
[7][8] Marcelino Gutiérrez estaba al mando del Batallón «Ayacucho» N.º 4 (antes Columna «Paucarpata» N.º.
Tuvo un papel muy menor en el golpe de Estado, cuyos principales cabecillas fueron Tomás y Silvestre.
La población sublevada levantó entonces barricadas frente al cuartel, que empezó a sufrir los rigores del sitio, por lo que tanto Marcelino como Tomás salieron con sus tropas y hicieron retroceder momentáneamente a los sitiadores.
[14] Su juicio finalmente fue suspendido, siendo liberado por una ley de amnistía, tras permanecer ocho meses en reclusión.
Dicho batallón formó parte de la División de Vanguardia encabezada por Manuel Leiva y compuesta por 3000 soldados bien armados, la cual fue enviada hacia Tacna para auxiliar al ejército allí estacionado.