Ello debido a que el candidato ganador, Manuel Pardo y Lavalle, era un declarado antimilitarista.

En las reyertas callejeras de Lima resultó asesinado Silvestre, mientras que Marceliano murió combatiendo en el Callao.

Sus tres hermanos menores (Silvestre, Marceliano y Marcelino) siguieron su ejemplo, aunque sin llegar a distinguirse, como si lo hizo Tomás.

[3]​[2]​ Finalizada la guerra contra España y consolidada la dictadura de Prado, pasó desterrado a Chile, junto con el coronel José Balta.

Instalado el gobierno interino de Diez Canseco, fue enviado a Chiclayo para combatir la revolución del coronel José Balta, pero no quiso usar las armas contra el pueblo, y retornó a Lima para dar cuenta de la situación.

[3]​[7]​ Pese a todo, Tomás dio un decidido apoyo al gobierno de Balta, y lo mismo hicieron sus hermanos, los coroneles Silvestre, Marcelino y Marceliano, que se hallaban al frente de los batallones que guarnecían Lima.

Sin embargo, antes que ocurriera dicho traspaso, el ministro de Guerra y Marina, coronel Tomás Gutiérrez, junto con sus tres hermanos, los también coroneles Silvestre, Marceliano y Marcelino Gutiérrez, propusieron a Balta que desconociera las elecciones y se perpetuara en el poder, a través de un golpe de Estado.

[20]​[21]​ El presidente electo, Manuel Pardo y Lavalle, avisado a tiempo de que los golpistas lo querían capturar, huyó hacia la costa, donde se embarcó en un bote pesquero, siendo recogido en alta mar por Grau y subido a bordo del monitor Huáscar.

Se dice que Marceliano, en represalia por la muerte de su hermano, ordenó asesinar al mandatario preso, aunque tal aseveración no ha sido probada.

La noticia de su muerte corrió rápidamente por toda Lima, difundida por las rabonas del cuartel.

Junto con Marcelino decidió entonces abandonar el cuartel en la noche, en medio del fuego de fusiles y cañones.

[30]​[31]​ Mientras tanto, el otro hermano, Marceliano, se dirigió al Callao, donde murió combatiendo contra el pueblo sublevado, el mismo 26 de julio.

Sin embargo tropezó con un grupo de oficiales y civiles capitaneados por el coronel Domingo Ayarza, el cual lo reconoció inmediatamente.

Al ser apresado, afirmó que había sido incitado a rebelarse por prominentes políticos y militares, los cuales lo abandonaron; además, se mostró asombrado cuando le comentaron sobre el asesinato del presidente Balta, afirmando que recién se enteraba de ese hecho.

Avanzaron unas cuadras, mientras eran seguidos por una turba que vociferaba amenazas, y al llegar a la plazuela de La Merced, los militares que lo apresaron no pudieron protegerlo más e ingresaron a Tomás en la botica de Valverde, en la esquina entre las calles Espaderos y Lezcano, cerrando enseguida las puertas.

Horas después fueron rotas las sogas que los sostenían, cayendo pesadamente los cuerpos sobre las baldosas del piso.

Luego se quemó a los dos despojos humanos en el centro de la plaza y en la tarde fue arrojado al fuego un tercer cadáver, el de Marceliano, traído desde el Cementerio Baquíjano y Carrillo del Callao.

[30]​[36]​ En todo ese curso de acontecimientos, los cadáveres fueron violentamente profanados: acuchillados, baleados y mutilados, e incluso testigos del hecho aseveran que algunos negros practicaron canibalismo con los cuerpos quemados.

[38]​ Días después, Manuel Pardo hizo su entrada apoteósica en la capital y ante una muchedumbre, pronunció un discurso que comenzaba exactamente con estas palabras: «Habéis realizado una obra terrible; pero una obra de justicia».

Capturado días después cuando intentaba embarcarse, purgó prisión durante algún tiempo y salió libre por una ley de amnistía.