[13][14] Durante este tiempo Joe luchó por la promoción del Sur de California, Pro Wrestling Guerrilla, donde ganó reputación en su rivalidad con Super Dragon.
Para el primer evento del 2004 Tango & Cash Invitational formó equipo con Puma en el torneo para determinar a los primeros Campeones en Parejas de PWG, logrando derrotar en la primera ronda a The Ballard Brothers, pero en segunda ronda fueron derrotados por B-Boy & Homicide.
En All Star Weekend 2: Electric Boogaloo enfrentó a Kevin Steen por el campeonato mundial de PWG pero fue derrotado.
Debutó en Glory by Honor como el enforcer de Christopher Daniels, traído para dañar a su principal enemigo, Low-Ki.
El 4 de marzo, Joe venció a su clásico rival, Homicide, en su último combate en ROH, con un "Muscle Buster" desde la segunda cuerda.
[33] Debutó oficialmente cinco días después en Slammiversary 2005, venciendo a Sonjay Dutt en una lucha en la que Mike Tenay le dio el sobrenombre de "The Samoan Submission Machine".
[36][37] En Bound for Glory 2005 el 23 de octubre, Joe venció al veterano japonés Jushin "Thunder" Liger con la "Coquina Clutch".
Joe venció a Styles en Turning Point ganando el Campeonato de la División X por segunda vez.
[40] Christopher Daniels se enfrentó a Joe en Final Resolution 2006 por el Campeonato de la División X, en un combate en donde A.J.
Luego, en Victory Road perdió un combate en el cual participaron Joe, Sting, Christian Cage y Scott Steiner.
En Bound for Glory 2006 el 22 de octubre, Samoa Joe derrotó a Raven, Brother Runt y Abyss en un "Monster's Ball Match".
[50] Joe y Angle se enfrentaron en Genesis 2006, pero fue derrotado después de rendirse con el "Ankle Lock".
Joe ganó la lucha tras aplicarle su "Muscle Buster" a Steiner, reteniendo así su TNA World Heavyweight Championship.
Con esto se volvió heel y pasó a formar parte de The Main Event Mafia.
Durante el combate, Jarrett le aplicó un "Ankle Lock" en ese tobillo, forzándole a rendirse.
Tras esto, su racha de derrotas continuó con otros luchadores del Bound for Glory Series, perdiendo ante Rob Van Dam, Devon, Kazarian en Destination X y Bobby Roode.
Finalmente, Joe acusó a la dirección de TNA por estar en contra suya y no querer que ganara.
[69] En la siguiente edición de Impact Wrestling, Joe ganó su primer combate en meses al derrotar a Morgan en la revancha en un Submission match.
[76] En Against All Odds, Joe & Magnus derrotaron a Crimson & Morgan, consiguiendo el Campeonato Mundial en Parejas de la TNA.
[84] Cuando acabó de luchar contra todos los oponentes del torneo, su puntaje le situó como el segundo, avanzando a las semifinales.
[93] En Turning Point retuvo el título contra Magnus en un No DQ Match, forzándolo a rendirse.
En Final Resolution formó equipo con Kurt Angle, Garett Bischoff y Wes Brisco derrotando a Aces & Eights.
[98] El 27 de junio en Impact Wrestling, Joe recibió ayuda para ganar por sumisión a Mr.
En Bound For Glory, la empresa le dio el título de nuevo por una noche para defenderlo contra Low Ki y Kaz Hayashi.
Esa misma noche, tuvo su primera lucha contra Roman Reigns, obteniendo la victoria gracias a la interferencia de Braun Strowman.
El 20 de noviembre formó parte del Team Raw en Survivor Series siendo eliminado por John Cena.
Más tarde esa misma noche, Joe informó una lesión menor en el pie que lo obligó a permanecer fuera de la escena por un corto tiempo.
A causa de esta lesión, Joe no participó en el Mixed Match Challenge y Royal Rumble.
El 29 de mayo en SmackDown, Cass reapareció anunciando su alta médica para competir pero ya se había pactado la anterior lucha por lo que, Joe debía enfrentarse a Cass y a Bryan, siendo Joe vencedor de este encuentro.
[125] La semana siguiente se enfrenta a Minoru Suzuki por el Campeonato Mundial Televisivo de ROH resultando victorioso, siendo luego atacado por Lethal, Dutt y Satnam Singh, quien realizaba su debut en AEW.