De acuerdo con una biografía escrita en 1577 por Jérôme-Hermès Bolsec —contrario a las ideas calvinistas sobre la predestinación— siendo joven sacerdote, Calvino habría sido condenado en Noyon por el delito de sodomía, que se castigaba con la hoguera.
La presunta homosexualidad de Calvino persistiría durante siglos, recordada por sus opositores.
Si Calvino no escribió el discurso, por lo menos lo influyó en tono y contenido, que era muy protestante.
[cita requerida] Un mes más tarde, cuando Cop se dirigía al Parlamento para responder el sumario en su contra, un amigo diputado le envió una nota advirtiéndole que debía escapar por su vida, pues el Parlamento era presionado por la Corona para que fuese condenado.
Calvino, de 26 años, era ya reconocido en toda Europa por su obra recién publicada y que trataba sobre el asentamiento institucional del cristianismo reformado.
Viret y Farel serían los exponentes del lado protestante (se suponía que Calvino no tomaría parte activa en la discusión); y de los 174 sacerdotes que aceptaron la invitación del lado católico, solo cuatro participaron en el debate.
El pueblo se apretujaba y aclamaba con entusiasmo al joven orador desconocido.
Pidió a Dios que le perdonara sus pecados por haber estado enseñando y siguiendo los falsos dogmas de Roma durante tantos años.
En los meses que siguieron, ciento veinte sacerdotes y ochenta monjes de los distritos circundantes se sumaron a la confesión reformada luterana, que había pasado a ser la religión oficial en tales territorios.
Los magistrados se resistían a «cambiar lo que ellos consideraban como tiranía clerical católica por un nuevo yugo protestante».
Calvino, por su parte, se sentía cada vez más decepcionado por el estado moral del pueblo.
Allí se dedicó a escribir, componiendo un himnario con 18 salmos, el credo apostólico con música, diecisiete capítulos de su libro Institución de la religión cristiana, un estudio sobre la Carta a los romanos, entre otros.
El francés que usó en su segunda edición de sus Instituciones fue hermoso y pulido, tanto que Calvino ha venido a ser conocido como padre del francés moderno, del mismo modo que Lutero por su traducción de la Biblia ha sido llamado padre del alemán moderno.
Calvino e Idelette tuvieron un hijo que murió a las dos semanas de nacer.
Durante su estancia en Estrasburgo, la situación en Ginebra se tornaba cada vez peor, de tal manera que el Concilio General de la Ciudad le pidió a Calvino que retornara como pastor.
Predicaba varias veces el domingo y, durante algunas semanas, todos los días.
Durante este tiempo un hombre llamado Denis Raquenier comenzó a tomar notas de los sermones de Calvino en taquigrafía para su propio provecho; su labor fue tan precisa y completa (casi no dejaba escapar palabra), que gracias a ese esfuerzo contamos hoy con una inmensa cantidad de sus sermones.
Tras la discusión, Bolsec fue arrestado por orden de Calvino, y tras el juicio condenado al exilio, al considerar el tribunal que su punto de vista no se podía calificar como herejía, y que por tanto no merecía un castigo mayor.
Había leído el libro de Calvino y había realizado anotaciones muy críticas en sus márgenes, devolviendo la copia corregida a Calvino, lo que desagradó mucho al reformador.
En una carta dirigida a Farel en 1546, afirmaba que, si Servet ponía los pies en Ginebra, «no saldría vivo».
Este esfuerzo produjo resultados, sobre todo en Escocia (con John Knox) y en Francia.
Calvino descendió del púlpito, se interpuso entre la turba y la mesa de la Comunión, y les dijo: «Pueden quebrar estas manos, pueden cortar estos brazos, pueden tomar mi vida, mi sangre es vuestra, pueden derramarla; pero nunca me forzarán a dar las cosas santas al profano y deshonrar esta mesa de mi Dios».
Los libertinos no tuvieron más remedio que salir de la iglesia.
Después de vivir cincuenta y cuatro años, solo dejó trescientas coronas a sus herederos, además de su biblioteca, que se vendió a gran precio.