[7] En 1866 se dirigió de la India a Afganistán, siendo vigilado por los servicios secretos británicos que lo consideraban un peligroso agitador y un probable agente ruso.
Poco después de llegar a Kabul fue nombrado consejero del emir, que estaba en guerra con su hermanastro.
[15][16] De Estambul se dirigió a El Cairo, entonces la capital cultural y financiera del mundo árabe.
[19] También se afilió a la masonería, al igual que otros egipcios, para poder celebrar discusiones políticas.
La respuesta del nuevo jedive, presionado por los cónsules de Francia y de Gran Bretaña que consideraban a al-Afghani un peligroso agitador que incitaba al «rencor contra los europeos», fue ordenar su expulsión a la India.
[26] Ya antes de verse obligado a abandonar El Cairo había escrito una carta al sultán otomano Abdulhamid II en la que le mostraba su indignación por la humillación que estaba sufriendo el «pueblo islámico» (milla) a manos de las potencias occidentales y, tras decirle que «he hecho de los medios para la reforma y salvación de ese milla mi profesión y mi conjuro», le pedía que formara un gran frente panislámico contra Occidente, ofreciéndose él mismo como representante suyo en India, Afganistán y Asia central.
[29] Tras una breve estancia en Londres, donde conoció al poeta inglés antiimperialista Wilfrid Scawen Blunt y publicó un artículo antibritánico en un periódico dirigido por un libanés discípulo suyo, Al Afghani llegó a París a principios de 1883, poco después de que Gran Bretaña ocupara Egipto.
El motivo del viaje, según explicó en una carta, era estar en «tierras cuyos habitantes gozan de mentes sanas, oídos atentos y corazones comprensivos, a los que pueda narrarles cómo se trata a un ser humano en Oriente.
Así se apagará el fuego que han encendido en mí tantos sufrimientos, y mi cuerpo se verá libre de la carga de unos sufrimientos que me han roto el corazón».
[30] En París colaboró en la revista de otro de sus discípulos, el judío egipcio exiliado Yaqub Sanu, y allí publicó algunos artículos dedicados a elogiar al sultán del Imperio Otomano como potencial unificador del islam.
También fundó junto con Muhammad Abduh, que había huido de Egipto tras la ocupación británica, una sociedad secreta con la finalidad de unificar y reformar el islam y una revista antiimperialista y panislamista llamada al-'Urwa al wuthqa ('El lazo indisoluble'), que gracias a un financiero tunecino se pudo distribuir gratuitamente en todo el mundo musulmán —clandestinamente en los territorios controlados por las potencias europeas—.
Para ello Abduh y Al Afghani se esforzaron en encontrar en El Corán textos que justificaran este programa político.
[32] Durante su estancia en París también mantuvo un intenso debate con Ernest Renan, a quien conoció al poco tiempo de llegar, a propósito de la compatibilidad entre la ciencia moderna y el islam que Renan negaba —«fue el primer debate importante entre un musulmán y un intelectual europeo», según Pankaj Mishra—.
Entonces ya era un personaje famoso y el shah Naser al-Din le invitó a Teherán, pero las ideas de Al Afghani le parecieron demasiado radicales, así que poco después se fue a Moscú, para recabar el apoyo ruso.
Estando en Londres recibió una invitación del sultán otomano Abdulhamid II para que fuera a Estambul.
Las autoridades persas solicitaron su extradición y el sultán no la concedió, aunque ordenó su encarcelamiento.
[45][9] En 1924 el millonario y arabófilo norteamericano Charles Crane, quien había conocido al sultán otomano depuesto Abdulhamid II en San Remo donde vivía exiliado, se interesó por el personaje de al-Afghani del que el exsultán le había hablado, y en un viaje a Estambul logró localizar la tumba donde había sido enterrado y erigió un monumento con su nombre en aquel lugar.