Promoviendo una concepción más moderna del islam, basada en el racionalismo, Abduh creía que las rígidas estructuras de la cultura islámica estaban frenando lo que esencialmente era una religión flexible y lógica.

Su padre, aunque no era rico, contrata un profesor privado que le enseñe el Corán a su hijo.

A la edad de doce años, Abduh había completado la memorización del Corán.

En 1866 Muhammad Abduh se traslada al Cairo para continuar sus estudios en la Universidad al-Azhar.

[1]​ En 1877, después de graduarse, ejerce como profesor en al-Azhar y crea en su casa un círculo renovador.

[2]​ A través de Afghani entra en una logia masónica que le permite entablar estrechos contactos con la élite egipcia entre los cuales estaba el hijo del jedive Ismail Pachá y príncipe heredero Tewfiq Pachá.

Tras la destitución por el sultán otomano del jedive Ismail, su hijo Tewfiq accede al poder.

Poco más tarde, vuelve a la arena política, apoyando la revuelta nacionalista liderada por Ahmed Orabi Pachá.

[2]​ En París, contacta con Wilfrid Scawen Blunt, escritor y poeta inglés famoso por su crítica al imperialismo, a quien había ya conocido en Egipto durante la revolución Orabi.

Quizás fueron estos contactos, quienes le proporcionaron empleo como profesor en Sultaniyya, una moderna escuela fundada en 1883 para competir con las escuelas europeas que habían abierto en Beirut y a la que acudían no solamente los hijos de la élite siria sino también miembros de otras familias ilustres del mundo islámico.

Gracias a sus buenas relaciones con Evelyn Baring, Lord Cromer, cónsul general y embajador plenipotenciario de Inglaterra en Egipto, como con su oponente Blunt, conseguirá en 1889 el puesto de muftí, máximo cargo religioso, trasladándose con ello a El Cairo.

Con motivo de su fallecimiento, fue dispuesto un tren especial para transportar su cuerpo a El Cairo.

En el recorrido, fue detenido en varias ocasiones por la multitud que quería ofrecerle sus respetos.

Muhammad Abduh fue un intelectual en el más moderno sentido occidental, aunque preparado para hacer frente a cuestiones religiosas dada su temprana formación en Al Azahar.