La costa occidental de la isla está bañada por el mar del Japón, en el sur el mar de Filipinas y al este directamente por el propio océano Pacífico.El pico más alto es el monte Fuji, con 3776 m. Hay muchos ríos, como el Shinano, el más largo de Japón y el río Tone, el que posee una mayor cuenca de Japón.En comparación, la economía por el mar de Japón al noroeste se basa en gran medida en la pesca y la agricultura.La isla se divide en cinco regiones y 34 prefecturas, entre las que destaca el Tokio metropolitano.[11] Fue el terremoto más potente sufrido en Japón hasta la fecha,[11] así como el cuarto más potente del mundo, de los últimos quinientos años, medidos o calculados con técnicas modernas.[16] Las frutas, las verduras, los cereales, el arroz y el algodón son los principales productos que se cultivan en Honshu.[19] Solamente en Honshu se encuentran especies raras del género de líquenes Menegazzia.[25] En cuanto a los recursos minerales, Honshu alberga la mayor parte del cobre, el plomo, el zinc y la cromita de Japón.También se encuentran dispersos por la isla yacimientos más pequeños de oro, plata, arsénico, azufre y pirita.Tanto el Tokaido Shinkansen como el Sanyo Shinkansen contribuyen a formar un ferrocarril de alta velocidad continuo a través de la megalópolis Taiheiyō Belt.
