A principios del siglo XVI la Reforma Protestante, la Contrarreforma y la Inquisición estaban en plena vigencia en casi toda Europa.La inquisición se instituyó en el Nuevo Mundo por los reyes católicos que encomendaron a la orden dominica del cumplimiento de la misma, los sacerdotes dominicos fungían como jueces mientras que la condena se encontraba en manos de la autoridad civil.Introdujo el Santo Oficio de la Inquisición en 1480, combinando la autoridad secular y religiosa en la materia.Oficiales españoles nombraron autoridades religiosas en México e incluso allá tenían el poder de rechazar las bulas papales.[5] El proceso de evangelización y más tarde la Inquisición tenían motivaciones políticas.[5] Estas dos órdenes, junto con los agustinos, proporcionaron la mayoría del trabajo de evangelización en México.En los últimos años, sin embargo, el énfasis en las luchas entre órdenes religiosas así como segmentos de la sociedad europea tomarían precedente.[1] Una serie de tres concilios eclesiásticos se reunió en el curso del siglo XVI para dar forma a la recientemente establecida Iglesia en la Nueva España.El catolicismo habiendo sido impuesto aquí, fue fuertemente influenciado por la Contrarreforma y requirió total consentimiento de sus creyentes.Su objetivo principal no estaba en la creencia o conciencia individual sino en la observación colectiva de los preceptos y prácticas clericalmente ordenadas.Esta combinación de autoritarismo y colectivismo se transfirió a las Indias durante el curso del siglo XVI.Al final, si bien en teoría el cristianismo era tener absoluta supremacía en todas las cosas religiosas, en la práctica, la Iglesia no se opuso a cualquier práctica que no entrara en conflicto directo con su doctrina.[1] Los nativos se adaptaron a aquellos aspectos del cristianismo que concordaran con la visión del cosmos que ya conocían, incluyendo el concepto de la interrelación de ambas, autoridad religiosa y secular.El objetivo era preservar la mayor cantidad de símbolos antiguos que siempre habían dado significado al universo.También tuvo poderes inquisitoriales en México después de la conquista pero no tenía el título oficial.Sin embargo, como cuestión práctica, probablemente no era prudente seguir dicha ejecución rígida en un entorno en donde los indígenas superaban en número a los conquistadores europeos, quienes también necesitaban gobernar a través de intermediarios indígenas.[6] Esta es parte de la razón por la cual la Inquisición no fue formalmente establecida en la Nueva España sino hasta 1571.Pero esto no quiere decir que prácticas similares nunca fueron usadas después de la ejecución del Señor Azteca Carlos.[2] Sin embargo, toda la fuerza de la inquisición se haría sentir en las poblaciones no indígenas como la “negra,” “mulata” y española.Sin embargo, los registros de esta época son muy pobres y los números exactos no pueden ser verificados.[2] Un grupo que sufrió durante esta época fue el del llamado “Cripto-judaísmo” de ascendencia portuguesa.Esta gente fue acusada de ser ‘judaizantes’ , lo cual significaba que aún poseían creencias judías.Nacido como judío en España en el siglo XVI, se convirtió al cristianismo.Cuando los académicos trabajaban para ocultar libros prohibidos por el decreto del Santo Oficio en 1647, la Inquisición requirió a las seis librerías de la ciudad, sometieran sus listas a revisión bajo la amenaza de multa y excomunión.En la ejecución pública todos los personajes notables y la mayoría de la población se vestía con sus mejores atuendos.Entonces la sentencia se llevaba a cabo, esto ocurría en la plaza de Santo Domingo, explanada que se encuentra frente a la iglesia del mismo nombre y al lado del antiguo palacio de la inquisición.
Convento de San Diego que contiene una placa en memoria de las víctimas de la Inquisición que fueron quemadas vivas en este lugar.
