El término Inquisición comprende varias instituciones dedicadas a la supresión de la herejía en la Iglesia católica.Tuvo como propósito fortalecer la fe, perseguir herejías, prácticas judaizantes (no el judaísmo como tal, ya que solo tenía potestad sobre los judíos que fueran bautizados) y mantener la unidad religiosa.Sin embargo, debido a la falta de miembros del clero secular, por influencia de Cortés y los franciscanos, estos últimos consiguieron la bula Alias Felicis por parte del papa León X en 1521 que les concedía el derecho de actuar en donde no hubiera miembros del clero secular, orden que se extendería a las demás órdenes religiosas en 1522 por la bula Exponi Nobis Fecisti(Omnímoda) y a partir de ese mismo año se iniciaron acciones contra los herejes por parte de los frailes inquisidores.Sin embargo, continuó habiendo conflictos de competencias entre la autoridad civil y la Inquisición hasta 1560.Entre sus juicios destacó el caso llevado en contra de Carlos Ometochtzin, cacique de Texcoco, el cual terminó con su quema en el cadalso, acción que le valió ser censurado por las autoridades inquisitoriales que anularon su nombramiento como inquisidor apostólico en 1543.Con tantas tareas a su cargo, en el periodo que estuvo en México (1544 – 1547) hubo un descuido de la institución inquisitorial.Este fenómeno iniciado en Alemania en 1520, que después se extendió a lo largo de Europa, evidentemente no era tan fuerte en las tierras del Nuevo Mundo.Para aquellos que no eran sobreseídos, las penas variaban en severidad, y podían incluir un parcial destierro.Dentro del poder español, las personas temían por sus vidas, por su familia y el futuro que les esperaba.Bien se sabe que la inquisición no tenía la forma más amable de lograr que alguien confesara un delito o en muchos casos, aceptar solo para dejar de ser torturado.La función del tribunal de la Inquisición siempre estuvo supeditado a las redes de comunicación y a la población, es decir, en los lugares más alejados y menos poblados difícilmente llegaba su influencia o control.Por su parte el Santo Oficio también combatió esta propuesta hasta que quedó oculta pero su declive tiene una gran causa; la invasión francesa en España.En 1808 Napoleón Bonaparte, consigue que Carlos IV abdique a favor de José Bonaparte y con ello publicó un decreto aboliendo a la Inquisición y confiscando sus bienes (los franceses no eran simpatizantes del Santo Oficio), por lo que en la Nueva España se seguía bajo la influencia de la Inquisición ya que donde no regía Napoleón, el Santo Oficio seguía en pie.‘’ Después de prolongadas y violentas discusiones las Cortes votaron por una gran mayoría que la Inquisición era incompatible con la Nueva Constitución liberal.Las consecuencias que existen al dejar a la Inquisición en el poder por tanto tiempo son múltiples.Se ha especulado sobre el retraso en la innovación científica, supuestamente porque se exigió creer en la religión cerrando toda posibilidad de que existiera algo más, lo cual habría perjudicado en el pensamiento científico y la creación de una sociedad, si bien hay que considerar que Nueva España produjo médicos, astrónomos, metalurgistas, como se puede constatar en la Biblioteca Mexicana de Eguiara y Eguren, una compilación de obras y autores novohispanos en todas las disciplinas.
