Las discrepancias que existían se pusieron de manifiesto al convocarse y celebrarse la Asamblea de Guáimaro, en donde se aprobó la Carta Constitucional redactada por Agramonte y el habanero Antonio Zambrana.
Estas discrepancias estaban dadas porque Carlos Manuel de Céspedes defendía el mando centralizado político-militar e Ignacio Agramonte se pronunciaba por las instituciones democráticas.
El poder ejecutivo fue concebido con muy poca fortaleza e independencia y en general la estructura gubernamental era extremadamente utópica para las condiciones de guerra y falta de territorio liberado existente.
Más allá del trasfondo real que pudieran tener algunas de estas acusaciones, la actitud de Agramonte en esta etapa aumentó la división en el seno del Gobierno, que en aquellos momentos necesitaba un Poder Ejecutivo fuerte y Generales con el poder de convocar, decidir y organizar la lucha.
De intensas lecturas históricas y militares, y del aprendizaje en el uso del machete que enseñara Gómez a los cubanos, extrajo la esencia organizativa para una caballería que se hizo célebre durante los años 1871 a 1873.
Con la ayuda del capitán y luego comandante Henry Reeve (quien llegara a ser Brigadier).
Sin el debido permiso marcha al amanecer del día siguiente, poco tiempo después de llegar a su destino es sorprendido y hecho prisionero por una caballería española compuesta de 120 rifleros a caballo.
Esto fue posible por la acerada disciplina y entrenamiento de la caballería mambisa, que funcionaba inmejorablemente en acciones rápidas, en pequeños núcleos, donde el sistema de órdenes y organización táctica en las acciones era muy eficaz.
Los soldados españoles carterean el cadáver y los oficiales al reconocer los documentos, ordenan llevar el cuerpo hacia Puerto Príncipe, donde es expuesto en el hospital de la Iglesia de San Juan de Dios, y quemado al día siguiente, soplando las cenizas a los cuatro vientos[2] para intentar conjurar su ejemplo libertador.
De Ignacio Agramonte, el Apóstol Martí expresa lo siguiente, comentando el valor cívico y la preclaridad política del Mayor, cuando habla de Céspedes, que en algunos momentos mostró serias diferencias con él, y que, sin embargo, lo defendió en justa y desinteresada manera en toda la grandeza que merecía aquel que se ganaría el apelativo de Padre de La Patria.