El gótico se plasma en su cabecera y en el interior de la capilla mayor, así como en el trazado del arco conopial de acceso a la nave central.
La nave central se cubre con bóveda de cañón y la capilla mayor por una cúpula semiesférica sobre pechinas, con una amplia y complicada ornamentación vegetal de yeserías.
En el testero opuesto, a los pies, se eleva el coro sobre dos fustes acanalados que apoyan en ménsulas y se proyecta hacía las tres naves mediante tribunas de perfil muy movido.
La nave del Evangelio se cierra por la cabecera con la capilla del Pilar, en el lugar que ocupaba la antigua Sacristía y contiene una profusa e interesante decoración de yeserías debidas al maestro Felipe de Unzurrunzaga, quien también intervino en la decoración general de la Iglesia.
También fueron recuperados los vanos de 4 ventanas que habían sido tapiados a principios del siglo XX, dando una mayor iluminación interior al templo.
Posee además unos fuertes valores etnográficos, debido a las cofradías que se han ido instalando entre sus muros, que la han dotado de bienes muebles de singular valor artístico.