Inicialmente, la iglesia tenía una nave y otra colateral, edificadas según los estilemas arquitectónicos propios del gótico en la época de los Reyes Católicos, con elementos mudéjares y arcos apuntados sobre pilares.

El terremoto de 1680 derribó su torre, que fue reedificada, por etapas, entre 1732 y 1776.

La magnífica torre-pórtico da acceso a la iglesia por la nave lateral derecha, bajo un arco de medio punto con clave amensulada y puntas de diamantes en las enjutas.

La capilla mayor —de planta rectangular con bóveda vaída en la que se inserta una bóveda semiesférica con medallón central de líneas vegetales— es obra de principios del siglo XIX y fue restaurada en 1962.

[6]​ El púlpito, de mármol rojo jaspeado, está ubicado en la parte izquierda del presbiterio; es del siglo XVIII y tiene 2,5 metros de altura.

A la izquierda del altar mayor, presidiendo la nave del Evangelio hay un cuadro de Nuestra Señora del Perpetuo Socorro y a la izquierda de este, abajo, hay una puerta que conduce, por unos peldaños, a la sacristía.

Las capillas que se disponen a ambos lados de las naves laterales están patrocinadas por las cofradías con sede en la iglesia y entre ellas —que son nueve en total— se intercalan altares neobarrocos, hornacinas, dedicados a diferentes devociones.

En la misma nave está la capilla del Cristo de Azotes y Columna.

La letra de la marcha Lágrimas de San Juan —con música de Abel Moreno, que se ha convertido en un himno a esta virgen— es del actor,[10]​[11]​ quien también creó en 2011 junto al compositor y director Juan Manuel Parra (Málaga, 1984) la marcha Cuatro Estampas para una Virgen, dedicada a dicha virgen.