El templo es una sencilla construcción colonial, construida entre 1657 y 1694, consta de una planta rectangular de una sola nave, y posee una capilla dedicada a San Antonio en su costado norte construida en 1901.
Su intención era dedicar el establecimiento a la Congregación de San Felipe Neri en Santafé.
[3] En 1665 los dominicos tomaron posesión del convento, quienes designaron como primer vicario a fray Francisco Mejía, y cinco años después otorgaron a Las Aguas todos los privilegios de que gozaban los conventos máximos de la Orden.
[5] La imagen de San Antonio fue esculpida en Barcelona (España), en tamaño medio del natural.
Los sacerdotes de la Fraternidad sirven a la comunidad parroquial y viven la vida sacerdotal comunitaria.
El eje de la composición está determinado por una espadaña central más alta que las dos laterales, finalizada en un frontón triangular partido en cuyo centro se levanta una cruz metálica.
Sobre los nichos se encuentran las ventanas de forma rectangular que iluminan el interior.
Tanto los nichos como las ventanas, tienen a su alrededor pinturas murales decorativas, las cuales están en proceso de restauración.
Las paredes se encuentran estucadas, cuentan con varios colores, y presentan molduras de diversas formas.