Una medida que impuso esta iglesia fue expulsar de sus filas a todo creyente bautizado pero con antepasados judíos.
Entre los asistentes se destacaron Dietrich Bonhoeffer, Martin Niemöller, Gustav Heinemann, Hans Christian Asmussen y el teólogo suizo Karl Barth, que había escrito ya en Bonn en 1933 que la Iglesia ha de servir, no al pueblo alemán o a la historia, sino a la palabra soberana de Dios.
La Iglesia Confesante obtuvo una respuesta positiva de muchos fieles luteranos.
Así, en Fráncfort del Meno participaron 12.000 personas al haberse convocado un "día de confesión"; 140 pastores de la iglesia nacional denunciaron como equivocadas las tesis del obispo nazi.
De hecho, muchas comunidades confesantes buscaron lugares para congregarse cuando no podían usar los templos existentes.
Esta división se expresó en el Sínodo, donde los "radicales" manifestaron su oposición a cualquier colaboración con el régimen nazi y argumentaron las razones de fondo.
En 1937, la Gestapo clausuró su seminario clandestino para pastores en Finkenwalde, tras lo cual se prohibió a su director Bonhoeffer que predicara, enseñara y hablara lo más mínimo en público.
También fueron condenados a muerte por participar en la conspiración su hermano Klaus Bonhoeffer, Rüdiger Schleicher y Friedrich Justus Perels.