Müller nació en Gütersloh, en la provincia prusiana de Westfalia, donde estudió en un instituto evangélico pietista.

Luego pasó a estudiar teología protestante en las universidades de Halle y Bonn.

Al estallar la Primera Guerra Mundial, se desempeñó como capellán de la Armada en Wilhelmshaven.

Desde 1931, cuando se unió al Partido Nazi, tenía un ardiente deseo de asumir más poder [1].

Müller quería servir como "Obispo del Reich" de esta entidad recién formada.

El avance de Müller enfureció a muchos pastores y congregaciones protestantes, quienes consideraban su selección para tener una motivación política e intrínsecamente anticristiana.