El término Hontanar se deriva de fontana que a su vez procede del latín fontana aqua, agua de fuente.

[2]​ Según un documento del XVI el nombre se debe a la existencia, en aquella época, de cuatro fuentes en el municipio.

Le bañan los arroyos Pasadero y Cedena que nacen en los montes de Toledo y se unen en la antigua población de Malamoneda conservando el nombre del último hasta desembocar en el Tajo.

A mediados del siglo XIV, el lugar tenía contabilizada una población de 285 habitantes.

[3]​ Tenía 60 casas y el presupuesto municipal ascendía a 3000 reales de los cuales 3100 eran para pagar al secretario.