En 1992, Alberto Fujimori disuelve el Congreso y realiza un autogolpe de Estado.

Como resultado, su régimen se convierte en una dictadura civil conocida como el fujimorato.

La corrupción se extendió hacia los más pobres, a quienes supuestamente pretendían proteger o reivindicar.

Las Fuerzas Armadas convocaron a una Asamblea Constituyente para modificar la constitución del país de manera que esta contuviera el rol del Estado empresario, hecho que fue avalado por el APRA.

La izquierda peruana no firmó la constitución porque significaba su fin, ya que el siguiente paso era la convocatoria a elecciones democráticas.

El daño económico, cultural, financiero y moral al país sufrido durante ese oscuro periodo, que anecdóticamente incluyó agresiones de los militares peruanos ante Chile supuestamente para recuperar Arica y Tarapacá —departamentos perdidos durante la Guerra del Pacífico—, constituyó la denominada «década perdida del Perú».

Las reformas económicas propuestas, sin embargo, no pudieron ser aplicadas en su mayor parte.

Los perpetradores fueron rápidamente aprehendidos y se llevaron papeletas de votación adicionales para reemplazar las quemadas, por lo que las elecciones procedieron sin mayores incidentes y el acto recibió poca atención en la prensa peruana.

[7]​ A partir de los años siguientes, sendero intensificó su campaña avanzando por toda la serranía del Perú, provocando miles de víctimas entre ellos niños, mujeres, ancianos y autoridades en todos los niveles.

Este hecho agravó el conflicto, pues los militares se entregaron a una brutal campaña represiva que costó -igualmente- miles de vidas.

Pese a las acusaciones de violaciones a los derechos humanos que llegaban, el gobierno de Belaúnde no pudo frenarlas y generalmente toleró estos hechos.

Cuando las tropas peruanas expulsaron a los invasores, Ecuador denunció el hecho como un ataque al poblado ecuatoriano de «Paquisha».

En las elecciones de 1990, Alberto Fujimori derrota al candidato favorito, Mario Vargas Llosa.

A estos hechos se les conoce actualmente como «el autogolpe».

[13]​ Este hecho fue un duro golpe para la organización la cual, al verse descabezada, rápidamente perdió capacidad para actuar.

A estas medidas se conocieron como Fujishock, un antecedente del sistema neoliberal que implementó años posteriores.

Un conflicto con Ecuador y fin a las hostilidades para firmar un tratado de paz definitivo, la crisis de la embajada japonesa por parte del MRTA que atrajo la atención del mundo entero,[14]​ y la continuación de las políticas económicas del gobierno anterior, marcaron este segundo período.

Tras una campaña empañada con acusaciones de fraude electoral, Fujimori vence en segunda vuelta a su más cercano contendor, Alejandro Toledo en vista del retiro de la segunda vuelta por este (nunca oficializada ante el Jurado Nacional de Elecciones), ya que consideraba que las elecciones habían sido fraudulentas.

Tras un largo debate, el Congreso decide no aceptar la renuncia y lo destituye por mayoría simple.

En las elecciones del 2001, Alejandro Toledo es electo tras derrotar en segunda vuelta a Alan García.