Es el segundo hijo de María Teresa Jaramillo y del arquitecto Hernán Gómez Agudelo.
Su carrera profesional comenzó, en 1973, integrando la selección juvenil de Antioquia que participó en el campeonato nacional.
Estuvo con la Selección de Ecuador hasta la Copa América 2004, completando sesenta y cuatro partidos internacionales.
Su nombramiento se vio precedido de múltiples rumores desde dos meses antes, en cuanto a su vinculación con el club bogotano.
«Siempre me llamó la atención llegar a Bogotá y últimamente he sido muy cercano a los dirigentes de Santa Fe, por eso acepté este reto, porque la capital se merece un título y volver a la Copa Libertadores, aunque no me comprometo con salir campeón, porque para ello hay que crear un equipo», declaró el Bolillo.
[3] No obstante, los malos resultados lo acompañaron al mando del equipo cardenal, ya que no pudo clasificar a los cuadrangulares semifinales del Torneo Finalización 2008, y luego de una serie de malos resultados en el Torneo Apertura 2009 renunció a su cargo el 12 de abril tras la derrota en Bogotá frente al Deportes Quindío 2-3.
En cuartos de final se enfrentó con Trinidad y Tobago, con el que también empató por 1-1 pero ganarían en los penales (6-5).
En el final del Hexagonal, Panamá tendría la gran oportunidad de clasificar por primera vez a su primer mundial, pero había que jugar los dos últimos partidos para lograr ese anhelado objetivo; se enfrentarían a Estados Unidos en Orlando, pero con un mal planteamiento del «Bolillo» Gómez, los Canaleros caerían goleados por 4-0 ante los dirigidos por Bruce Arena.
En Ciudad de Panamá, los Canaleros se jugaban el partido de su vida ante Costa Rica, ya que definían su ida al mundial o al pepechaje ante Australia; aunque no comenzarían bien las cosas para Panamá, terminaría el primer tiempo con derrota por 1-0, y hasta ese momento los panameños le estaban diciendo adiós a su sueño mundialista.
Panamá lograría su primera clasificación a un mundial por primera vez en su historia de la mano del Bolillo, repite la hazaña que había logrado con Ecuador al Mundial de Corea y Japón 2002 y se convierte en el técnico colombiano en disputar tres mundiales con tres selecciones diferentes (Colombia, Ecuador y Panamá) superando a sus compatriotas Francisco Maturana, Reinaldo Rueda y Luis Fernando Suárez con dos mundiales cada uno.
Ya en el Mundial de Rusia 2018, Panamá tuvo su debut absoluto en una copa mundial ante Bélgica en Sochi, cayendo por 3-0 en su debut hechos por Dries Mertens y Romelu Lukaku en dos oportunidades; su siguiente partido fue ante Inglaterra en Nizhni Nóvgorod perdiendo por una estrepitosa goleada de 6-1, anotando para los ingleses John Stones, un hattrick de Harry Kane y Jesse Lingard, y para los Canaleros anotó Felipe Baloy, convirtiendo el primer gol de Panamá en los mundiales.
Ya en la Copa América, no estuvo a las expectativas y generaba muchas dudas en su juego, pues se evidenciaría en los tres partidos: ante Uruguay, en el que terminarían goleados por 4-0; después ante Chile, derrota por 2-1; y por último se empataría ante Japón por 1-1.
[12] En su primer juego como técnico Junior empató 1-1 con Santa Fe por la fecha 9 de la Liga Betplay 2023 I.
En la Liga Betplay 2023 II tras 5 fechas disputadas Junior no había ganado ningún partido (3 empates y 2 derrotas).