En el Atlético Nacional estuvo hasta el 1997, año en el que logró darle otro título al elenco verde paisa: la Copa Interamericana 1995.

En 1999, el entrenador arribó en Santa Fe, aunque no pudo hacer mucho por el cuadro capitalino, que acabó en la posición 13 de la reclasificación.

Peláez llegó junto con Elkin Sánchez, quien sería el preparador físico del club, y que es un conocido en el país por haber trabajado con el también colombiano Hernán "El Bolillo" Gómez en la dirección técnica de la selección de Ecuador, que clasificó al país por primera vez a un mundial, a Corea-Japón 2002.

Entre 2006 y 2008 estuvo en el Deportivo Independiente Medellín, en lo que fue el segundo ciclo de Juan José con el equipo rojo.

Su regreso a la dirección técnica, generó optimismo en la afición del equipo rojo y en general, aunque luego no terminó sucediendo nada siqueira rescatable.