Estudió química en Berlín y comenzó su carrera en la industria textil.Más tarde, trabajó con Adolf von Baeyer en la BASF en 1879 en la síntesis del colorante índigo.Procedía de una antigua familia judía sefardí, aunque más tarde se convirtió al luteranismo.En 1855 se trasladó a Mülheim an der Ruhr para iniciarse en el teñido y la estampación de calicó.En 1868 entró a trabajar como químico investigador en la empresa Badische Anilin und Sodafabrik (BASF), fundada por Friedrich Engelhorn tres años antes.No obstante, ambas partes alcanzaron un acuerdo amistoso en virtud del cual a Perkin se le permitía fabricar alizarina en Gran Bretaña bajo licencia de la BASF, lo que a la postre reportó a la empresa renombre internacional y acceso al mercado mundial.[7] En 1879, junto con Adolf von Baeyer, sintetizó el primer colorante índigo.