Acompañándolo en sus campañas estuvieron sus hijos Ninan Cuyuchi y Atahualpa, con sus mejores generales, dejando en Cuzco a Huáscar (o Topa Cusi Huallpa) con tres orejones (nobles), Hilaquita, Auqui Topa Inca y Tito Atauchi, a cargo de la administración de la capital.

[6]​ Cuando llegó la momia de Huayna Cápac al Cuzco, Huáscar se enfureció pues la delegación no había traído consigo a Atahualpa.

Huáscar comprendió que Atahualpa podía fácilmente fortalecerse hasta llegar a tener la capacidad de enfrentársele para someterlo.

[19]​ Huáscar aprovechó ese tiempo para conseguir el apoyo de los cañaris, una poderosa etnia que dominaba extensos territorios del norte del imperio y mantenían rencores hacia Atahualpa, pues este los había combatido durante las campañas de su padre.

[21]​ Según algunos cronistas, la única batalla fue el enfrentamiento de Quipaipán o Quepaipa, donde Chalcuchímac y Quizquiz apresaron a Huáscar.

Pero las tropas de Atahualpa les atacaron y en la zona llamada Quipaipán se dio la batalla decisiva.

[24]​ Dichas campañas fueron muy sangrientas, asegurándose que en Tomebamba, capital de los cañaris, se masacraron a 60.000 personas.

Todas estas luchas impidieron a Atahualpa dirigirse al Cuzco, hasta que una vez diezmadas las tropas de sus enemigos, pudo finalmente emprender la marcha hacia la capital imperial.

Esa leyenda se propaló por todo el Imperio y convirtió a Atahualpa en un ser mítico.

El curaca local Chirimasa o Chili Masa se convirtió en uno de sus principales aliados y dispuso a 12.000 soldados en balsas para conquistar la isla Puná, cuyos 12.000 habitantes[30]​ habían sido tradicionalmente rivales de los tumbiz y leales a Huáscar.

[42]​ Victoriosos los huascaristas en Chillopampa, no consiguieron capturar a Atahualpa, que observaba la batalla desde una colina con su guardia personal.

Secretamente, por la noche, Chalcuchímac moviliza 5000 soldados por la cordillera occidental y al amanecer ataca por la retaguardia a los cuzqueños.

Según algunas versiones, fueron cegados y abandonados a su suerte, otras dicen que se les arrancó la piel para hacer tambores de guerra.

[46]​ Busca venganza hacia los cañaris atacando Tomebamba, pero Huáscar reacciona enviando un nuevo ejército al mando del príncipe Huanca Auqui.

El victorioso curaca de la Puná, invadió Tumbes y la castigó duramente, tomando prisioneros a la guarnición dejada por Atahualpa.

[50]​ Mientras esto ocurría al norte del Tahuantinsuyo, en el Cuzco, Huáscar que había sido elegido por la nobleza cuzqueña, se mostraba como un gobernante “pusilánime, violento, cruel y desatinado”.

Enojado, Atahualpa marchó hacia la huaca y mató al sacerdote, destrozándole el cráneo con una porra de oro.

[51]​ Cuando Atahualpa, se encontraba en Huamachuco, preparándose para viajar al Cuzco, llegaron unos mensajeros enviados por los curacas de Paita y Tumbes.

[53]​ Los huascaristas la rompieron lanzando una ofensiva, pero fueron derrotados por Quizquiz en la sangrienta batalla de Cusibamba, tras lo cual se desbandaron; los que pudieron huir marcharon a Cajamarca, pasando por Huancabamba.

En Tumbes, Atahualpa ejecutó a todos los jefes huascaristas y usó sus pieles para hacer tambores.

Los poechos, con miles de guerreros a la cabeza del jefe Huachu Puru ofrecieron resistencia, siendo vencidos.

[56]​[57]​ Cada día iban aumentando sus fuerzas con nuevos reclutas aunque seguían estando en inferioridad numérica (las tropas de Huáscar se estiman en unos 80.000 hombres).

[45]​ El general Huanca Auqui organizó sus fuerzas en Hatun Xauxa (Hatunjauja); cerca de ahí, en Yanamarca,[22]​ se enfrentó a los quiteños.

El primero bajo su mando personal, formado con orejones del Hurin Cuzco, cañaris y chachapoyas guarneciendo la capital.

Los enemigos sobrevivientes cruzaron el río Cotabamba, pero Huáscar decidió erróneamente no perseguirlos sino celebrar la victoria.

El grueso del ejército cuzqueño salió a recibirlo alegremente tirando las armas, con lo que las tropas quiteñas lograron un fácil pero ingenioso triunfo definitivo y tomaron prisionero en ella al general Tito Atauchi.

[65]​ El victorioso ejército de Atahualpa, inicia su marcha hacia la ciudad del Cuzco, quedando Huáscar preso en Quiuipay, con custodia especial.

Tras ser apresado, Huáscar fue conducido al Cuzco por Chalcuchímac y Quizquiz, donde se le obligó a presenciar la muerte de sus familiares, tanto directos como indirectos.

[71]​ Mientras Quizquiz custodiaba el Cuzco, Pizarro había tomado contacto con un hermano de Huáscar y Atahualpa, Túpac Hualpa.

Toparpa (como lo llamaban los españoles) fue nombrado Sapa Inca por Pizarro y en tal calidad inició un viaje haciendo apenas dos meses más tarde de su entronización.