Fue criado del influyente obispo Fonseca y en 1511 consiguió el cargo de contador en La Española.
En 1520 firmó una capitulación para explorar la ruta que iba a las islas Molucas desde el istmo de Panamá, realizando el viaje dos años más tarde.
[1] En la expedición recorrieron la costa del Pacífico de las actuales Costa Rica, y visitaron los dominios de numerosos monarcas amerindios, entre ellos los caciques Huetar, Chorotega, Gurutina, Orosi, Nicoya y Nicarao.
Tuvo que enfrentarse al ataque del cacique Diriangén que lo obligó a retirarse hacia San Lucar (Golfo de Nicoya), y luego regresar a Panamá.
También Hernán Cortés intentó disputarle la conquista, enviando a Cristóbal de Olid para ello, pero al traicionarle este último, envió después a su primo Francisco de las Casas, que terminó aliándose con el propio Gil González contra Olid.