Nació en Pedrógão, Coimbra, Portugal, y era descendiente del navegante Fernando de Magallanes.
[2]: 16 Después de que Zhang huyese tras haber sido derrotado por los manchúes en 1647, ambos misioneros quedaron bajo sospecha debido a su colaboración y fueron capturados por Hooge.
Magalhães fue acusado de soborno, encarcelado y torturado, pero luego fue puesto en libertad porque los cargos no fueron confirmados.
Construyó varios dispositivos mecánicos, incluido un carillón y un reloj de torre que tocaba una melodía china cada hora.
Sin embargo, parte del documento resultó dañado por el fuego, por lo que hubo modificaciones y eliminaciones en la traducción, y se reorganizó en 21 capítulos en lugar de los 12 originales, publicada con su nuevo título francés con el nombre del autor galicizado como Gabriel de Magaillans.
[14] Magalhães y sus compañeros misioneros dejaron una impresión positiva en el emperador Kangxi, quien los describió como «dedicados al bien público», y además le concedió el notable honor de escribir su epitafio: «No han hecho nada malo, pero muchos chinos desconfían de ellos.
Sin embargo, siempre hemos sabido que son sinceros y dignos de confianza.