Posteriormente, en 1395, aquella casa conventual fue arrasada por un incendio, aunque, para entonces, los Mendoza ya se habían hecho cargo del patronato de su capilla mayor y pudo reconstruirse con los dineros aportados por el almirante Diego Hurtado de Mendoza.Es en esos años cuando el panteón es víctima de saqueos y cuando se profanan los sarcófagos.Mediante ese mismo programa están siendo restaurados la iglesia y el resto del conjunto conventual.Para abordar esta nueva construcción se desmanteló el panteón preexistente bajo el presbiterio, se desplegó una nueva escalera de acceso y se abrieron huecos que iluminaran las estancias, como el gran ventanal que, semioculto, ornamenta el muro exterior de la cabecera del templo y da luz a la capilla funeraria.Precisamente, la fragilidad de los jaspes y los yesos empleados han generado problemas de conservación que, agudizados por la alta humedad que afecta a la cripta, otorgan al monumento el carácter artificioso y banal más característico del barroco efímero.Al final, el nivel de la capa freática fue determinante para el desarrollo del proyecto.
