Regresó a Mendoza en 1826, y de allí pasó a la provincia de Buenos Aires, donde hizo varias campañas contra los indígenas del sur, luchando en varios combates y ejerciendo como lenguaraz.

Participó del largo pero fracasado sitio de Buenos Aires, hasta que debió retirarse con sus tropas a Rosario; en esa época era teniente coronel.

En noviembre de 1860 estalló una revolución en San Juan, en la que fue asesinado el gobernador José Antonio Virasoro.

El gobernador de San Luis, general Juan Saá, fue enviado como interventor federal.

Este hecho llevó a la guerra entre el Estado de Buenos Aires y la Confederación Argentina.

En Mendoza se inició un juicio en su contra por la muerte de Aberastain; dado que no hallaron a Clavero, encerraron con grillos a sus dos hijos adolescentes en los calabozos del fuerte de San Rafael.

Logró fugarse, pero unos días más tarde fue tomado prisionero y enviado a Mendoza.