Fueron sus padrinos su tía paterna, Juana de Austria y su tío materno, el archiduque Wenceslao.
Después de Fernando, nacerían cuatro hijos más; Carlos Lorenzo en 1573, Diego en 1575, Felipe en 1578 y María en 1580.
Además, es posible que conscientes de la alta tasa de mortalidad infantil habitual en esos tiempos, Felipe y Ana pudieran temer crear vínculos afectivos muy estrechos con sus hijos pequeños, solo para verlos morir luego, dejándolos devastados.
Aunque la leyenda negra lo presentó como un hombre frío, en realidad era un padre cariñoso.
Cuando regresó de Portugal, trajo muchos dulces y mermeladas para ellos.
Alegoría del Nacimiento del infante Fernando
, representado por un recién nacido rodeado por siete
alegorías
femeninas, las Virtudes Cardinales y Teologales, frente a la cama donde reposa y también asisten a su madre, en un esquema basado en las representaciones religiosas de los nacimientos de la
Virgen
y
San Juan Bautista
. Están enmarcados por una gran tienda con siete
putti
sosteniendo abiertos los cortinajes, y sobre la que descansa la
Fama
tocando la trompeta y sosteniendo una filacteria donde se lee "Celebris veneris partus mundi"; a los lados, en las nubes, la diosa romana
Diana
, protectora de los partos, y el dios
Marte
con un águila.
La ofrenda de Felipe II de su hijo Fernando a la Victoria
, por
Tiziano
, 1572–75. La victoria cristiana sobre los turcos en la
batalla de Lepanto
en 1571 y el nacimiento de Fernando después fueron vistos como signos del favor de Dios.
