El comandante del fuerte, Martín Lacarra, lo puso en fuga y persiguió por la margen norte, mientras que Alfaro lo hizo por el sur logrando rendir a los invasores.

Iniciada la marcha en la calurosa noche del día 7, por terrenos arenosos y cubiertos de espesos matorrales espinosos que obligaban a transportar a los oficiales sobre los hombros de sus soldados y sin guía competente, las fuerzas invasoras llegaron a las 6:30 h al cerro de la Caballada, completamente extenuados y sin haber podido beber agua por 24 horas, con el agravante de consumir carne salada como único alimento.

Con Benito Paso e Hipólito Doinel fue elegido para llevar las noticias de la victoria a Buenos Aires.

En un parte de la acción se cita que Durante la guerra y el desarrollo de la campaña corsaria contra el comercio imperial, estando Buenos Aires bajo bloqueo, Patagones se convirtió en la principal base corsaria.

En cuanto a los «esclavos ladinos», ya integrados, recibían la libertad plena apenas pisaban el suelo de la república.

Este ordenó el reemplazo de los prefectos pero Alfaro, si bien adicto al mitrismo, permanecería en su puesto hasta que fuera depuesto y desplazado por el bandido Coriolano Márquez en noviembre del mismo año, por considerarlo un «salvaje unitario».

Fernando Alfaro tras ver su casa saqueada, llegó a huir junto al teniente coronel Camilo Rodríguez, Adolfo Chueco, Pedro Esquivel y Felipe Olivera, con el objetivo de embarcarse en las playas de Quilmes rumbo a Colonia del Sacramento, por no poder pasar a Buenos Aires, pero fue alcanzado por Márquez y ejecutado con sus compañeros el 9 de noviembre de 1859.

[6]​ La oposición más fuerte de la Cámara de Diputados la dio José María Moreno que consideraba que Alfaro debería haber renunciado dado que “los empleados civiles faltan á su deber cuando permanecen en sus puestos cuando el territorio es invadido por fuerzas enemigas” y además por considerar que la madre de la viuda quienes convivieran, era una mujer de gran fortuna.

Allí efectuó sus estudios y una vez culminados se volcaría al comercio, radicándose finalmente en la Patagonia argentina.