Gracias a la recomendación del general Agustín Gamarra, logró retomar su ascenso en el escalafón.

Retornó con las expediciones restauradoras, que libraron sendas campañas para poner fin a la Confederación Perú-Boliviana.

Desde allí apoyó a la rebelión del general Manuel Ignacio de Vivanco en Arequipa (1843), y en su nombre se proclamó jefe militar y político de los cuatro departamentos del sur.

Fue comisionado para combatir a los rebeldes constitucionales, que, encabezados por los generales Domingo Nieto y Ramón Castilla, se habían alzado en Tacna, contra el gobierno de Vivanco.

Ambos planearon un ataque conjunto sobre Moquegua (al norte de Tacna), dominada por Nieto.

Pero fue apartado del mando al mostrarse díscolo y reacio a cumplir ciertas órdenes, por lo que no figuró en la batalla final de La Palma, que coronó la victoria de los revolucionarios.

El mismo presidente Castilla asumió personalmente el mando de los batallones leales y logró hacer retroceder a los revolucionarios.

Castillo emigró a Chile, donde radicó algunos meses, hasta que en julio de 1857 reapareció en el puerto del Callao, siendo apresado no bien desembarcó.

Finalizada esta contienda, permaneció exonerado de todo mando militar, durante varios años.