Ya como gobernador, enfrentó en 1863 la Intervención francesa en Tabasco, y participó junto a Gregorio Méndez en la Batalla de El Jahuactal y en la Toma de San Juan Bautista.
En cinco ocasiones cubrió las ausencias del gobernador Abraham Bandala Patiño y fue declarado '"Benemérito de Tabasco" por el Congreso del estado.
[1] En ese momento, el estado de Tabasco enfrentaba un bloqueo marítimo por parte de los estadounidenses, quienes habían sido derrotado en 1846 por las fuerzas tabasqueñas comandadas por Juan Bautista Traconis.
[2] El 18 de junio de 1863, se inicia la Intervención francesa en Tabasco, y el ejército francés a cuyo mando iba Eduardo González Arévalo, amaneció ante la capital del estado San Juan Bautista, iniciando un fuerte bombardeo y desembarcando con 150 hombres.
Después de eso, el coronel Gregorio Méndez solicitó su retiro para dedicarse a la vida privada.