Mientras tanto, ya instalados en San Juan Bautista, Eduardo González Arévalo se autonombra Gobernador de Tabasco y los franceses comienzan a internarse en territorio tabasqueño, tomando las villas de Jalpa, Cunduacán y Comalcalco, en donde Arévalo nombra regentes.

Mientras que Lino Merino, Eusebio Castillo los hermanos Bastar Sozaya entre otros, se alzaban en armas en Tacotalpa.

Esto resultó ser un golpe anímico muy fuerte en contra del ejército francés, que se refugió en San Juan Bautista, mientras que las fuerzas republicanas tabasqueñas, con nuevos bríos, se enfilaron hacia la capital del estado con la firme intención de expulsar a los invasores.

[2]​ Mientras tanto, en la capital, era patente la escasez de víveres, por lo que a través del río Grijalva único contacto con el exterior, surcaron las canoas hacia Frontera para traer alimentos para la población.

[3]​ Al negarse las fuerzas tabasqueñas, se trabó una fuerte batalla, en la que predominó el fuego de artillería.

Así, el 27 de febrero de 1864, las fuerzas tabasqueñas dieron el asalto final al Almacén Real o Casa Fuerte provocando que los franceses, copados y desmoralizados, no tuvieran más remedio que abandonar la capital del estado.

Días después abandonarían Frontera, en Jonuta serían atacados por las fuerzas de Gregorio Méndez y las batallas se prolongarían por casi dos años, hasta que en 1866 durante el Sitio de Jonuta serían expulsados completamente del territorio tabasqueño.