[1]​ Gracias a sus aptitudes y lealtad, fue nombrado comandante general de Tabasco en 1860.

Durante la intervención francesa Eusebio Castillo secundó el movimiento armado iniciado por Andrés Sánchez Magallanes, y se alzó en armas en Tacotalpa junto a Lino Merino.

Estuvo al frente de la Guardia Nacional, en 1871, y en 1876 fue nombrado Vicegobernador del estado.

Posteriormente, siendo candidato para la gubernatura, tuvo que enfrentar la sublevación del antiguo rebelde radical Hipólito Chávez en contra de su postulación.

Irritado el general Díaz, le respondió que se atuviera a las consecuencias.