El gobierno de Federico Guillermo estuvo marcado desde el principio por las fricciones con el parlamento.

El príncipe decidió cobrar los impuestos habituales pese a la oposición de los representantes.

Pero en noviembre de ese año, un ejército austro-bávaro entró en Hesse y restituyó al príncipe en su sede gubernamental.

Tras la guerra, fijó su residencia en Bohemia, donde comenzó a conspirar secretamente contra el régimen prusiano.

Sus planes fueron descubiertos y el gobierno de Prusia le confiscó sus propiedades particulares en 1869.