Posteriormente, simultaneó la carrera de medicina con el doctorado en ciencias naturales, finalizando ambos estudios en 1930.
Asimismo, en 1931, Bonet fue nombrado conservador auxiliar en el Museo de Ciencias Naturales.
Al final de la guerra se hallaba en Barcelona y desde esta ciudad partió a Francia, llegando a México en julio de 1939.
Asimismo, en 1941 Bonet estableció el primer Laboratorio de Zoología que dirigió entre 1945 y 1962.
A partir de los años cincuenta inició una serie de investigaciones sobre temas paleontológicos, que intercaló con estudios espeleológicos y entomológicos.