La fauna de mamíferos es muy variada e incluye el zorro, el tejón, el lince ibérico, el lobo ibérico, la cabra montés, el gato montés, la liebre, la comadreja, el jineta[1] entre otros.
[3] Las aguas marinas portuguesas son de las más ricas en biodiversidad del mundo, pues sus especies marinas rondan el millar e incluyen la sardina, el atún y la caballa del Atlántico.
[9] En 2005, el área de paisaje protegido del Litoral de Esposende fue clasificado como parque natural para la «conservación del cordón litoral y de sus elementos naturales físicos, estéticos y paisajísticos.»[10] Madeira cuenta con muchas especies endémicas de animales, principalmente invertebrados como Pieris brassicae wollastoni y también algunos vertebrados como un murciélago, algunos lagartos y aves.
La mayor tarántula de Europa, tan grande como una mano humana, se encuentra en la isla Desertas.
Hay 47 especies exóticas inventariadas en el archipiélago, cinco de las cuales catalogadas como invasoras, destacando el escarabajo japonés (Popillia japonica).