Filogenéticamente, Aves se define generalmente como todos los descendientes del ancestro común más reciente de una especie de ave moderna específica (como el gorrión común, Passer domesticus), y Archaeopteryx,[2] o alguna especie prehistórica más cercana a Neornithes (para evitar los problemas causados por las relaciones poco claras de Archaeopteryx con otros terópodos).
Actualmente, la relación entre los dinosaurios no aviares, Archaeopteryx y las aves modernas todavía está en debate.
Esto ha contribuido a esta ambigüedad de dónde trazar la línea entre aves y reptiles.
Debido a que algunos miembros basales de Dromaeosauridae, incluido Microraptor, eran capaces de volar con motor, algunos paleontólogos han sugerido que los dromeosáuridos en realidad derivan de un ancestro volador, y que los miembros más grandes se volvieron secundariamente no voladores, reflejando la pérdida del vuelo en paleognatos modernos como el avestruz.
Una teoría alternativa al origen dinosaurio de las aves, defendida por algunos científicos, en particular Larry Martin y Alan Feduccia, afirma que las aves (incluidos los "dinosaurios" maniraptores ) evolucionaron a partir de arcosaurios tempranos como Longisquama.
La tendencia evolutiva entre las aves ha sido la reducción de elementos anatómicos para ahorrar peso.
Si bien mantuvo los dedos con garras, tal vez para trepar, tenía una cola pigóstila, aunque más larga que en las aves modernas.
Las aves desdentadas modernas evolucionaron a partir de sus ancestros dentados en el Cretácico.
[11] Mientras tanto, las aves primitivas anteriores, en particular los Enantiornithes, continuaron prosperando y diversificándose junto con los pterosaurios durante este período geológico hasta que se extinguieron debido al evento de extinción masiva K-T. Todos los grupos de Neornithes desdentados, excepto unos pocos, también se vieron afectados.
Los paleognatos incluyen a los tinamús (aves parecidas a los urogallos, que se encuentran solo en América Central y del Sur) y las ratites, que hoy en día se encuentran casi exclusivamente en el hemisferio sur.
Las ratites son grandes aves no voladoras e incluyen a los avestruces, ñandúes, casuarios , kiwis y emús .
[15] Este desacuerdo se debe en parte a una divergencia en la evidencia, con la datación molecular que sugiere una radiación del Cretácico y el registro fósil que sugiere una radiación del Paleógeno.
[18] Las aves que sobrevivieron a la extinción del final del Cretácico probablemente vivían en el suelo (no arbóreas) y por lo tanto persistieron a pesar de la destrucción mundial de los bosques.
[12] Esto puede ser el resultado del enfriamiento climático que fragmenta los biomas tropicales y produce una especiación alopátrica generalizada , además de un efecto de algunos linajes que se diversifican en los biomas áridos y fríos en expansión.
Sin embargo, los científicos no están de acuerdo en cuanto a las relaciones precisas entre los clados principales.
Históricamente, las características estructurales y los registros fósiles han proporcionado suficientes datos para que los sistemáticos formulen hipótesis sobre las relaciones filogenéticas entre las aves.
[23] La evolución generalmente ocurre a una escala demasiado lenta para que la puedan observar los seres humanos.
Las poblaciones que estuvieron aisladas durante el tiempo suficiente para divergir significativamente, pero no lo suficiente como para ser incapaces de producir descendencia fértil, pueden ahora estar cruzándose entre sí tan ampliamente que la integridad de la especie original puede verse comprometida.