La especie Y. martini fue nombrada en homenaje al paleontólogo de aves Larry Martin.

[5]​ Su alimentación de peces y las adaptaciones asociadas muestran una evolución convergente con el lejanamente emparentado enantiornitino Longipteryx.

[6]​ La ausencia del hueso prefrontal y el cráneo no diápsido sitúan a Yanornis en el grupo Ornithurae el cual también incluye al ancestro común de las aves actuales.

Por lo tanto era un volador más eficiente comparado con los Enantiornithes (los cuales tenían una condición moderna pero en forma menos desarrollada), por lo que solo Confuciusornis, igual que Archaeopteryx era capaz de llevar a cabo el movimiento ascendente solo de forma marginal.

[13]​ El orden Yanornithiformes ha sido nombrado para marcar sus diferencias de otros Ornithurae basales como Gansus, pero podría llamarse Songlingornithiformes; especialmente se esté taxón es ciertamente un sinónimo más moderno de Songlingornis como se ha propuesto ocasionalmente.