Al igual que las aves modernas, Confuciusornis tenía un pico sin dientes, aunque algunos parientes cercanos de las aves modernas tales como Hesperornis e Ichthyornis sí tenían dientes, lo que indicaría que la pérdida de ellos ocurrió convergentemente en Confuciusornis y en las aves contemporáneas.

En todas las otras aves, incluido Archaeopteryx, no se ha probado la existencia de estas aberturas en la parte posterior del cráneo.

La reconstrucción mostrada en la figura[6]​ ilustra la mano de Confuciusornis la cual trabajaba en forma original.

En las aves modernas la fusión de la mano está tan extendida que solo una falange del primer dedo se puede mover libremente: el "pulgar" porta el ala extrema (Alula) que resulta importante durante ciertas maniobras de vuelo (por ejemplo aterrizajes).

La información disponible a la fecha no indica que Confuciusornis y Archaeopteryx tuvieran alula.

Confuciusornis es el dinosaurio volador más antiguo con un aparato de vuelo casi moderno.

También provee evidencia valiosa sobre como la garra evolucionó hasta convertirse en una "mano voladora".

Las aves mantienen esos tres dedos, si bien ahora se especializan en el vuelo en vez de en la función prensil.

Por mucho tiempo se ha tratado de comprender como es que se realizó la transición en los dinosaurios desde una mano de agarre a una mano voladora, en este sentido Confuciusornis brinda información útil para ayudar a comprender el tema.

Esta modificación del esqueleto de la cola era una ventaja para la navegación en vuelo.

Sin embargo, las escápulas estaban fusionadas a los huesos coracoides y puede ser que hayan formado una base sólida para fijar los músculos de vuelo.

Además, las largas plumas de su cola seguramente le entorpecerían trepar a los árboles.

Los opositores a la teoría del Confuciusornis trepador destacan que las distintas adaptaciones que tenía su esqueleto eran suficientes para permitirle remontar vuelo a partir del suelo.

Si dicha teoría fuera correcta, sería este el indicio más antiguo de dimorfismo sexual en aves.

La diferencia existente en el plumaje hace pensar que ya podría haber existido un comportamiento social complejo en las aves del Cretácico Inferior.

Analizando el patrón de crecimiento del hueso desde su centro en forma radial se pueden interpretar los cambios, en forma similar al método que se aplica a los anillos de los árboles (véase dendrocronología), y así estudiar el crecimiento durante el desarrollo del individuo.

Obviamente, las aves primitivas presentan una reducción en el tamaño del individuo adulto con respecto a sus antepasados dinosaurios, reduciéndose especialmente la fase inicial de crecimiento rápido que está asociada a la fibra interna de la corteza ósea.

El lento tejido óseo encerado del Enantiornithiformes que inicialmente se había considerado típico de las aves plesiomórficas, aparentemente es una disminución adicional del ritmo de crecimiento, fenómeno este que no se encontraba presente aún en las aves primitivas ni en el "Confuciusornis".

Sin embargo en 1999 se publicaron[19]​ resultados de fechado radiométrico de las rocas sedimentarias que indicaban la época Cretácico temprano, una datación más moderna, para todo el macizo Jehol, datación confirmada en trabajos posteriores.

Aun así es posible observar en la secuencia una tendencia hacia aves más desarrolladas.

Al igual que las aves modernas, el Confuciusornis tenía un pico sin dientes, aunque algunos parientes cercanos de las aves modernas tales como el Hesperornis y el Ichthyornis si tenían dientes, lo que indicaría que la pérdida de ellos ocurrió convergentemente en Confuciusornis y las aves contemporáneas.

Archaeopteryx Rahonavis Jeholornis Sapeornis Confuciusornis Changchengornis Enantiornithes Ornithuromorpha (incluyendo los Neornithes, aves modernas) (Cladograma Zhou 2004.

Los miembros más desarrollados de este grupo pertenecen a las Ornithothoraces en los cuales se reduce la cantidad de vértebras dorsales (thoracalia) y el dedo pulgar maneja una "(Alula)", o trozo extremo del ala (véase también Punto 2).