Dentro del matrimonio tuvo dos hijos, Jorge Elías y José Julio Malpartida Herencia-Zevallos.
Nombrado prefecto de Puno en 1879, al iniciarse la Guerra del Pacífico, organizó un regimiento con el que marchó hacia Mollendo en previsión de un posible desembarco chileno en dicha zona costera del Perú.
Su alejamiento total del gabinete ministerial se debió, según dijo tiempo después, a que Iglesias no cumplió con la promesa de devolver al pueblo del derecho de elegir libremente a sus gobernantes.
Esta asamblea no sólo ratificó dicho tratado sino también ratificó como presidente provisional a Miguel Iglesias, lo que condujo a la Guerra civil peruana de 1884-1885.Sin embargo, Elías Malpartida fue uno de los seis diputados que se negó a ratificar el tratado de Ancón junto con el diputado por el Cusco Benjamín Sánchez Gutiérrez, su hermano Jesús Sánchez Gutiérrez que actuaba como diputado por Puno; el religioso Eusebio Gonzáles, diputado por Huánuco; Federico Moscoso, representante suplente por Camaná y el diputado por Puno Modesto Basadre.
Pero su período fue breve debido al grave incidente que ocurrió el 19 de diciembre, cuando turbas adictas al gobierno atacaron e incendiaron los talleres del periódico satírico El Mosquito, donde se atacaba mordazmente a Billinghurst.
Al no recibir el Senado respuesta del gobierno sobre este suceso, se aprobó un voto de censura contra Malpartida.