Ascendió gradualmente y al estallar la Guerra del Pacífico, era ya subteniente de Artillería.

Luego fue subjefe y jefe de Estado Mayor, controlador general del ejército y comandante general de la primera división durante la tensión fronteriza con el Ecuador en 1910.

Los demás ministros eran: Wenceslao Valera (Relaciones Exteriores), Baldomero F. Maldonado (Hacienda), Francisco Moreyra y Riglós (Justicia e Instrucción) y Fermín Málaga Santolalla (Fomento).

[3]​[4]​ Varela era por entonces la figura más respetable y gloriosa del ejército nacional en el servicio activo.

[5]​[6]​ Esta candidatura no prosperó, pues la Corte Suprema anuló sus credenciales.

Los conspiradores comisionaron al teniente Alberto Cavero, del cuartel de Santa Catalina, para que apresara a Varela, advirtiéndosele que le guardara las consideraciones debidas a su alto rango y evitase un derramamiento de sangre.

Cavero ordenó a uno de sus ayudantes para que comprobase si la víctima había muerto; éste sujeto golpeó a Varela con la culata de su arma, y le destrozo la clavícula derecha y algunas costillas.