En 1628 fue nombrado obispo de Asunción del Paraguay, adonde llegó en 1629.Intentó defender sin éxito la Villa Rica del Espíritu Santo hasta que debió ordenar su evacuación y el abandono del territorio trasladando a los pobladores a la banda occidental del río Paraná.Se ocupó especialmente por adelantar la construcción de la catedral e intentó sin éxito crear tres nuevas doctrinas de indios en Magdalena, Monte Grande y Las Conchas: Tuvo serios inconvenientes con el gobernador Mendo de la Cueva y Benavídez y el cabildo.El pleito se había originado formalmente porque "algunas personas del pueblo se le an benido a quejar que les anda notificando por parte del Señor Obispo, con penas de descomunión, le paguen premissas de ganado, abes y otras cossas que nunca an acostumbrado a dar".Finalmente dicha asamblea resolvió que las tradicionales cuotas de trigo, cebada y maíz cubrían las premisas que el obispo reclamaba, por lo que en julio de 1638 Aresti, tras excomulgar al gobernador, viajó al Alto Perú para llevar el caso ante la Real Audiencia de Charcas.
