El templo fue levantado en el siglo XVII el lugar de la aparición de la Santa Cruz, cuya fiesta se celebra en mayo.
Por el Colegio Cruceño pasaron las figuras claves de su época como el beato san Junípero Serra o Antonio Margil de Jesús.
La secularización del último tercio del siglo XVIII esquivó, sin embargo, al convento Cruceño y sus emergentes misiones en Texas española y Santa Fé de Nuevo México.
[11] Tras la Reforma de 1857 el convento se convirtió en bien nacional.
Posteriormente el convento se empleo como escuela primaria, para ser finalmente abandonado.