Este templo fue reconstruido entre los años 1683 y 1715.

La época de mayor esplendor de la provincia franciscana de San Pedro y San Pablo fue en 1755 cuando contaba con tres grandes conventos (La Cruz en Querétaro, San Francisco en Celaya y San Bernardino de Siena en Valladolid) y más de trescientos religiosos.

La fachada del convento, de estilo plateresco, es de dos niveles con pilastras decoradas con gárgolas; el patio interior está delimitado por una arquería de medio punto sobre pilastras molduradas y las del segundo nivel están rematadas por unos rostros que sobresalen de entre follajes.

En el interior se aprecia el estilo barroco del siglo XVII.

Está localizado sobre la Calzada Independencia, en el centro histórico de la ciudad de Celaya y a un costado de la famosa Bola del Agua.