Fueron establecidos por frailes franciscanos bajo carta de los monarcas del Corona española y el gobierno del Virreinato de Nueva España en una política llamada Reducciones para facilitar la conversión de los nativos americanos al cristianismo.
Intentaron hispanizar a los pueblos indígenas.
Las misiones introdujeron ganado, frutas, verduras y la industria en pequeña escala europea en la región suroeste.
Fray Marcos de Niza, enviado por Coronado, vio por primera vez el área ahora conocida como Nuevo México en 1539.
El primer asentamiento permanente fue la Misión San Gabriel, fundada en 1598 por Juan de Oñate cerca de lo que hoy se conoce como Okay Owingeh, antes conocido como el Pueblo de San Juan.