Para consuelo de los hinchas, el club se consagraría en la Serie B y volvería a la élite del fútbol nacional.
En su primera Copa Libertadores, el equipo llegó hasta octavos de final, instancia en la que caería por penales frente al Atlético Mineiro.
El 2001 fue el año más exitoso del conjunto Furacão, ya que ganaría su primer Brasileirão y cerró buenas actuaciones en el Campeonato Paranaense.
Debido al subcampeonato nacional en el 2005, el Atlético ganaría otra participación más en la Copa Libertadores, edición en la que llegaría hasta el partido final.
En el primer encuentro, el partido finalizó en empate, resultado que le daba muchas ilusiones a los aficionados paranaenses.
Ya en el partido de vuelta, en el Estadio Morumbi, el São Paulo apabullaría por 4-0 al Atlético Paranaense.
El Furacão completó así una performance notable, dejando en el camino a históricos clubes como: Newell's Old Boys, Fluminense, Peñarol, entre otros.
[13]Con esto, garantizó la octava participación del club en la Libertadores 2022, además de clasificar a la Recopa y la Copa Levain.
[17] Así mismo, en el ranking de la CONMEBOL ascendió 12 posiciones y se ubicó por primera vez en su historia dentro del top 15, resultando como el primer clasificado a la Libertadores 2022.
[19] Este mismo año, compitió en la Recopa Sudamericana por segunda vez en su historia, quedando nuevamente subcampeón, tras ser derrotado por 4-2 (resultado global) ante Palmeiras.
[23][24] En el Brasileirão terminó la competición en el sexto lugar y se clasificó por 9ª vez a la Libertadores, en la que disputaría el evento en 2023.
En 2024, año de su centenario, el club conquistó por vigésima octava vez el Campeonato Paranaense derrotando al Maringá en los dos partidos disputados que conforman a la gran final.
[29][30] Sin embargo, después de una pésima campaña en el Campeonato Brasileño, el equipo, en su año centenario, acabó descendiendo a segunda división por cuarta vez en su historia tras una derrota por 1-0 ante el Atlético Mineiro en el Arena MRV.
[31][32] El Estadio Joaquim Américo Guimarães fue inaugurado en junio de 1999, para un amistoso del Atlético frente a Cerro Porteño.
Finalmente, el club fue sancionado con 6 encuentros a puertas cerradas en su estadio, en el cual no se había jugado este encuentro debido a que ya se encontraba clausurado, y otros 6 en otra cancha, además de una multa de 37 000 €.
Por el rendimiento histórico en el campeonato brasileño, el jugador se hizo con los siguientes premios: recibió el Balón de Plata como el mejor goleador de la competición y los adidas Golden Score revista, ya que fue el máximo goleador del fútbol brasileño en el año fueron 44 goles, añadiendo el Campeonato Paranaense y la Liga.
Ambos se enfrentaron en el primer (y hasta entonces único) clásico de Paraná disputado por una competencia internacional, por la Copa Sudamericana 2006.