[12]​[13]​ Al final de la temporada, el Inter terminó la Serie A 2012-13 en un decepcionante noveno puesto, lo que significó que no se clasificaron para la UEFA Champions League ni para la UEFA Europa League por primera vez desde 1999-2000.

Por esta decepcionante posición, Stramaccioni fue despedido y sustituido por Walter Mazzarri, con quien Jonathan consiguió un lugar más regular en la alineación inicial.

[17]​ En el primer partido de la nueva temporada en la Serie A, Jonathan ayudó al primer gol de Yūto Nagatomo en una victoria por 2–0 ante Genoa, ayudando al equipo a hacer un buen comienzo.

[20]​[21]​ Un mes más tarde, Jonathan abrió el marcador en la victoria por 4–2 sobre el recién ascendido Hellas Verona, que fue descartado como un gol en contra.

[22]​ Jonathan anotó por segunda vez en la Serie A, igualando el marcador en el empate 1–1 ante Bolonia el 24 de noviembre.

[26]​ Jonathan nunca ha sido convocado a nivel sénior para Brasil, lo que deja la puerta abierta para una convocatoria brasileña o italiana.