Llegó a Primera División de Huancayo y fue subcampeón por tres años consecutivos, hasta que en 1971 se hizo del título y fue avanzando en la Copa Perú hasta llegar a la Finalísima de 1972,[1] en la que ascendían los dos primeros ubicados.
Llegó a tener cuatro técnicos en esa primera campaña: Juan De La Vega, Óscar Montalvo, Orlando Calle y Ricardo Alfaro.
Casi nunca ingresó a las liguillas definitorias y tampoco fue frecuente que peleara el descenso.
Deportivo Junín es, hasta la fecha, el club huancaíno mejor ubicado en la tabla histórica de los campeonatos nacionales: está en el puesto 19.
Sin embargo, durante sus diecisiete temporadas en Primera, la mayor rivalidad regional la sostuvo contra ADT de Tarma.
Promediando el encuentro, Ángel Vicente Avilés, jugador de Junín, se desvaneció en plena cancha; nadie pudo resucitarlo.
El equipo, utilizó la misma indumentaria del Social Deportivo Junín y participar en la Segunda División Profesional.
[5] En 2016 fue relanzado como ETE Deportivo Junín y participó en la Segunda División de Huancayo donde logró el ascenso a la Primera distrital.
Sin embargo, antes y después, este uniforme varió: en la Copa Perú que le dio el ascenso, vestía aún una camiseta de color rojo.
Hay algo, sin embargo, que Deportivo Junín puede ostentar con cierto orgullo: fue el último club profesional de Hugo Sotil.