Este monasterio perteneció a la orden agustina hasta que sufrió las consecuencias de la Ley de Enajenación de Bienes de Manos Muertas por lo que fue expropiado por el presidente Tomás Cipriano de Mosquera en el año de 1864,[7]​[8]​y los frailes fueron expulsados de Popayán al poco tiempo, pasando entonces el claustro desacralizado a formar parte del patrimonio del estado y dedicado a funciones de docencia y enseñanza, no fue hasta mitad del siglo XX cuando las Hermanas Vicentinas procedentes de Francia se adueñan del viejo convento y lo amplían,[9]​[10]​ construyendo sobre el antiguo huerto nuevas instalaciones y estableciendo así el claustro como sede de la Institución Educativa San Agustín fundado en el año 1988.

[12]​ Sin embargo fue el Arzobispo de Popayán, Iván Antonio Marín López que propuso a las Hermanas de la Caridad de Santa Ana que regentaran el colegio como una misión evangelizadora y educativa, por lo que desde 1999 hasta el presente son la congregación encargada de la institución.

[13]​ El antiguo monasterio no fue tan afectado por el Terremoto de Popayán de 1983 ocasionándole solo unos cuantos desperfectos en su estructura siendo rápidamente restaurados.

En 2003, la Secretaría de Educación Municipal fusionó la Concentración Escolar San Agustín con el Bachillerato Femenino San Agustín, con una cobertura de 2400 estudiantes.

Sobre la calle 7 o de La Cárcel, se ubican entradas secundarias enmarcadas por sendas portadas, la más monumental cuenta con una hornacina sobre la puerta flanqueado por cuatro columnas, mientras que la segunda se haya coronada por un frontón triangular.